แม้ว่าในด้านหนึ่ง วิธีการเรียนการสอนของโรงเรียนทางเลือกยังคงเป็นกระบวนการทดลองเพื่อปรับปรุงและพัฒนาวิธีการเรียนการสอนอยู่ตลอดเวลา แต่ในอีกด้านหนึ่ง โรงเรียนทางเลือกได้เปิดความคิดว่า การศึกษาอาจไม่ใช่กระบวนผลิตแบบง่ายๆ เพื่อให้ได้สินค้าที่มีลักษณะเหมือนกันจากโรงงาน ผลการสอบอาจช่วยบ่งชี้ว่า โรงเรียนทางเลือกก็สามารถสร้างการเรียนรู้ให้กับเด็กตามมาตรฐานกลางได้ แต่ผลลัพธ์ดังกล่าวไม่ใช่จุดมุ่งหมายหลักของการศึกษาในโรงเรียนทางเลือก

โจทย์หนึ่งที่สำคัญในการปฏิรูปการศึกษาไทยก็คือ เราจะเพิ่มจำนวนนักเรียนที่ผ่านโรงเรียนทางเลือก เพิ่มการสร้างนวัตกรรมทางการศึกษา และขยายผลจากโรงเรียนทางเลือกไปสู่โรงเรียนทั่วได้อย่างไร?

แม้ว่าการเรียนการสอนของโรงเรียนทางเลือก ยังคงเป็นกระบวนการเรียนรู้เพื่อปรับปรุงและพัฒนาอยู่ แต่โรงเรียนทางเลือกได้เปิดความคิดที่ว่า การศึกษาไม่ใช่กระบวนการผลิตแบบง่ายๆ เพื่อให้ได้สินค้าที่เหมือนกันจากโรงงาน ผลสอบของนักเรียนอาจเป็นตัวช่วยบ่งชี้ได้ว่า โรงเรียนทางเลือกสามารถสร้างการเรียนรู้ให้กับเด็กตามมาตรฐานที่เป็นกลางได้ แม้ผลลัพธ์ดังกล่าวจะไม่ใช่จุดมุ่งหมายหลักของการศึกษาในโรงเรียนทางเลือกก็ตาม

ทั้งนี้ ปัจจัยที่เป็นตัวกำหนดความสำเร็จของโรงเรียนทางเลือกคือ ปรัชญาการศึกษาของโรงเรียน ผู้นำและทรัพยากรในการจัดการศึกษา คุณภาพของครู นวัตกรรมด้านการสอน การมีส่วนร่วมของผู้ปกครอง รวมไปถึงกฎกติกาของภาครัฐ และสภาพแวดล้อมนอกห้องเรียนของโรงเรียนด้วย

โดยโจทย์หลักที่สำคัญในการปฏิรูปการศึกษาไทยก็คือ เราจะทำอย่างไรให้เราสามารถใช้ประโยชน์จากโรงเรียนทางเลือกได้อย่างเต็มที่ และจะทำอย่างไรให้โรงเรียนทางเลือกสร้างคุณประโยชน์ให้กับสังคมไทย เพราะในเมื่อเราเห็นแล้วว่าโรงเรียนทางเลือกมีความน่าสนใจ และบรรยากาศการเรียนการสอนก็สนุก สร้างศักยภาพให้เด็กได้อย่างเต็มที่